Schon 1937, vier Jahre nach Hitlers Machtergreifung, wurde Beamten nahegelegt, ihre Kinder aus den Klosterschulen herauszunehmen und sie den öffentlichen Schulen zuzuführen. Dadurch nahm auch in St.Ursula die Schülerzahl ab. Die Schwestern, die als Beamtinnen in der Volksschule gewirkt hatten, wurden vorzeitig zwangsweise in den Ruhestand versetzt. 1940 wurde die endgültige Schließung der Schule verfügt.
Die Schwestern wurden teilweise zur Arbeit auf Ämtern, zur Ausgabe von Lebensmittel-
karten und Bezugsscheinen eingezogen. In den leer gewordenen Schulräumen bot man in einem "Privaten Töchterheim" Unterricht an und hielt achtwöchige Orgelkurse ab.

Später wurden Schule und Internat beschlagnahmt und in ein Lager für Bessarabiendeutsche verwandelt. Im Schulhof mauerte man eine Notküche auf, in der unter Leitung einer Schwester für diese Aussiedler gekocht wurde.

Weil viele Lehrer zum Kriegsende eingezogen wurden, entstand Lehrermangel. Die Schwestern, die vom Alter her noch nicht abgebaut werden konnten, mussten in die Knabenschule zum Unterricht. Sie befand sich in der heutigen Karl-Brachat-Realschule, im ehemaligen Benediktinerkloster. Dort wurden vormittags die Mädchen und nach-
mittags die Jungen unterrichtet, in der folgenden Woche wurde die Reihenfolge umgekehrt.